Berdirinya PT Energi Agro Nusantara diawali dengan penandatanganan Perjanjian G to G pada tanggal 2 Agustus 2010 yang dituangkan dalam MoU antara Kementerian Perindustrian RI dan NEDO tentang Kerjasama Pembangunan Pabrik Bioethanol dengan bahan baku molasses yang berlokasi di Pabrik Gula Gempolkrep Mojokerto.

Pada tanggal 4 Oktober 2010, Kementerian Perindustrian RI menerushibahkan proyek tersebut beserta kewajiban pembiayaan local portion kepada PT Perkebunan Nusantara X (Persero) melalui perjanjian penerushibahan yang ditandatangani oleh kedua pihak.

Kemudian pada Juli 2012, diadakan sebuah kajian oleh konsultan independen tentang penentuan entitas bisnis proyek pembangunan pabrik bioetanol sebagai unit bisnis atau sebagai anak perusahaan dipresentasikan kepada Direksi PT Perkebunan Nusantara X (Persero). Berdasarkan hasil kajian dan pertimbangan strategis bisnis, pada November 2012, Direksi PTP Nusantara X (Persero) telah menetapkan entitas bisnis proyek pembangunan pabrik bioetanol sebagai anak perusahaan PT Perkebunan Nusantara X (Persero).

Setelah proyek pembangunan selesai, pada tanggal 5 Juni 2013, Berdasarkan Akte Notaris Sri Eliana Tjahjoharto SH No 3, yang disahkan dengan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia No AHU-33493.AH.01.01 Tahun 2013 Tentang Pengesahan Badan Hukum Perseroan, status entitas bisnis proyek pembangunan pabrik bioetanol secara resmi berubah menjadi anak perusahaan PT Perkebunan Nusantara X (Persero) dengan nama PT Energi Agro Nusantara.